尽管法律对自首有了更宽松的规定，然而，由于刑事案件的复杂性和多样化，在司法实务中仍然会遇到一些案件在自首与否的问题上引起争论。
一、关于一审翻供，二审如实供述犯罪事实的行为不能认定为自首的问题
我国《刑法》第67条规定:“犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。”最高人民法院的《司法解释》为:“犯罪嫌疑人自动投案并如实供述自己的罪行后，又翻供的，不能认定为自首;但在一审判决前，经教育又能如实供述的，应当认定为自首。”假如一审判决对罪犯的自动投案未认定为自首，进入二审程序后，犯罪分子如实供述了犯罪事实的，二审法院对其自首能否给予重新认定。对此，争议颇多。一种观点认为，一审期间没有如实供述自己的罪行，到二审后，悔罪态度再诚恳也无济于事，因为最高人民法院的司法解释已经将“一审判决前”作为自首的时间界限，二审再重新认定自首，缺乏法律依据。还有一种观点认为，一审期间虽然没有交代罪行，但在二审中经过教育，对自己的犯罪行为有了悔罪认识，并且能如实供述的，二审法院应认定其自首。笔者认为，一审判决后，只要通过上诉或抗诉进入二审程序，原判决就不具有法律效力。那么，二审法院在审理过程中，只要能够确定被告人如实供述的，对其认定自首未尝不可。我国刑事诉讼法实行二审终审制，在一审判决后的法定期限内上诉或抗诉的，本案的诉讼程序就没有终结，二审的判决文书才是最终生效的法律文书，所以，一审没有认定的情节，二审法院仍然有权重新认定，这也符合惩罚与宽大相结合的刑法原则。
二、关于正确认定准自首中“其他罪行”的问题
在准自首正的供述条件“如实供述司法机关还未掌握的本人其他罪行”中，如何理解“其他罪行”，其是否与司法机关已经掌握的或者已经判决确定的罪行属于同种罪或是异种罪，立法上未作说明，理论界也是众说纷纭。一种观点认为，我国《刑法》第67条所使用的“其他”罪行，是相当于该条所指“已被掌握”的罪行而言，既包括异种罪行，也包括同种罪行。自首的本质特征在犯罪人将自己主动交由国家追诉，因而犯罪人主动供述司法机关还未掌握的同种罪行的，仍应视为自首。另一种观点认为，对于如实交代司法机关还未掌握的同种犯罪的，应区别不同情况加以认定其是否自首，对于被采取强制措施的被告人，犯罪嫌疑人如实供述司法机关尚未掌握的同种犯罪的不应认定为自首，应认定为补充交代，而对于正对服刑或判决宣告的尚未服刑的罪犯如实供述司法机关尚未掌握的同种罪行的。应认定为自首。有的学者对这种观点进一步解释说，被采取强制措施的犯罪嫌疑人，被告人如实供述的是司法机关尚未掌握的同种犯罪，如果认定其为自首的话，对一个罪犯部分认定自首，部分不认为自首，在法律适用上会产生困难。而对于正在服刑的罪犯，如实供述司法机关未掌握的同种罪行，应依法对其数罪并罚，可以将如实供述的该同种罪作为独立的犯罪处理，因而可以适用自首的规定。
对此问题，笔者认为“其他罪行”应包括同种罪行，建议应及早修改司法解释，否则不利于鼓励犯罪分子交待余罪，还增加侦查机关破案的难度，最终最终不利于国家、社会和人民利益的保护。主要基于以下两点:
第一，从语义上分析，“其他罪行”应当包括“同种罪”和“异种罪”。所谓异种罪行是自愿交待的罪行与先前的被采取强制措施或生效判决所确定的罪名是不同的，而同种罪行是指犯罪人被采取强制措施或生效判决所确定的犯罪是相同性质的，即同一罪名。立法原意所侧重的应当是“其他未被掌握的罪行”，而非“其他同种类的罪行”。
第二，从刑法的体系角度分析，我国《刑法》第70条规定，发现犯罪分子漏罪的处罚原因的处罚原则是对新发现的漏罪作出判决，把前后两个判决所判处的刑罚依照《刑法》第69条的规定，决定执行的刑罚。在这里刑法未限制新发现的漏罪性质。因此新发现的漏罪，包括同种罪行与异种罪，都执行“先并后减”，这样对已决犯是公平的。如果把“其他罪行”限定在“不同种罪行”，这样对于未决犯还有讨论的余地，而对正在服刑的罪犯来说则明显有失公平。因为刑法明文规定对于刑罚尚未执行完毕的罪犯，如果出现还有“余罪”未判决时要数罪并罚，这就出现了既要定罪又不认定自首的情况;且准自首的实质在于鼓励犯罪嫌疑人、被告人或罪犯在人身自由受到司法机关控制的不利状态下主动向有关机关交待自己尚未供述的罪行，从策略上考虑，这种划分和学者的理解，不仅可能缩小自首的适用范围，削弱自首制度的功能，而且不利于审判案件扩大突破和对在押罪犯的改造。
三、关于“双规”期间行为人如实交代自己基本犯罪事实的自首认定问题
这里所说的“双规”是指中国共产党纪检部门按照党的有关纪律规定，对那些涉嫌严重违反党纪的党政干部采取的一种纪律措施，其核心内容是“在规定的时间、规定的地点把问题交代清楚”。在我国政治制度与法律制度的框架下，“双规”与民法院改判、撤销原判发回重审和调解结案共计5.4万余件，再审改变率为71.1%，提出再审检察建议4.5万余件，人民法院采纳2.7万余件，采纳率为59.4%，纠正了一大批违法裁判、违法调解和虚假诉讼案件，有力的保护了国家利益、社会公共利益和当事人及案外人的合法权益”。⑥在看到检察权对审判权监督、制约的同时也要清醒的认识到检察权作为一项国家权力同样有被滥用的危险和可能，同样需要制约。另外，民事检察监督权仅是一项程序性权力，只具有启动再审程序的功能，至于实体裁判则要有法院做出。所以，法院拥有实体裁判权并对检察机关的监督权形成了有力的制约。
其次，相同的价值追求决定了“检法”之间具备坚实的协作基础。不论是人民检察院，还是人民法院，在民事诉讼中都要通过履行法律赋予的职责，实现维护社会公平正义的价值目标，因此，二者的价值追求是相同的，不存在根本利益冲突，从这个角度来讲，检法两家是存在坚实的合作基础的。尽管检法两家在执法理念、监督范围、监督模式和具体法律适用等方面存在着不容忽视的冲突，但民事检察制度毕竟是法定制度，必须予以执行。近年来，为进一步加强人民法院民事审判工作和人民检察院民事检察工作的协调配合，规范双方的工作程序，全国部分地方人民检察院和人民法院根据《中华人民共和国民事诉讼法》的有关规定，在总结良好做法和经验的基础上不断进行磋商、协调，联合签署了一大批规范性文件，为民事检察制度的顺利开展和“检法”协作提供了机制保障。
最后，“息诉维稳，创建和谐”的司法工作目标为检法两家相互支持与合作提供了契机。当前我国正处于社会转型期、发展迅猛期和矛盾多发期，大量的矛盾纠纷以案件的形式涌入司法机关。司法机关“息诉维稳”的压力不断增大。检法两家越来越感到单凭一家的力量是远远不够的，还需要其他部门的协同与配合，人民法院尤其需要检察机关的支持与协助。因为检察院在民事诉讼中处于相对“超然”的地位，更容易获得不服法院裁判的申诉人的信任。检察院正逐步成为分流法院不服民事裁判申诉压力的“主渠道”。事实上，检法两家在民事案件联合息诉和解等方面广泛开展了合作，取得了良好的法律效果、社会效果和政治效果。有的地方还建立了良好的工作机制。
三、民事诉讼中和谐检法关系生成的路径考察
1．以宪法和法律为基准，以“相互理解、相互支持”为原则，为构建“和谐司法”提供准则基础。
2．共同创新工作机制，为构建“和谐司法”提供机制保障。
3．强化党的领导和人大监督，为协调检法冲突提供组织保障。
4．检察机关应首先纠正一些错误认识和做法，为检法关系的良性循环做出表率。
四、民事诉讼中的检法关系对司法体制改革的启示
1．继续深化司法改革尤其是司法体制改革。改革是社会经济发展的动力，也是推动司法工作发展的动力。在改革中出现的问题最终还要用改革的方法加以解决。
2．充分发挥立法机关在司法改革中的主导作用。我国的政治体制是人民代表大会下的“一府两院制”即“议行合一”制。
3．应当构建法律职业共同体，注重司法人员的法治理念建设。观念性冲突是检法冲突的重要表现形式，同时又是导致检法利益性冲突、权力性冲突的深层次动因。
